（一）办公室。负责机关日常运转工作；承担文电、会务、机要、文印、保密、档案、创建（含文明城市创建和精神文明创建）职责；负责12328热线工作；承担政务公开、政务督查职责；负责领导件和领导班子决策事项的落实工作；负责人大建议、政协提案办理工作；负责目标考核、政务信息、宣传、外事、接待等工作；负责机关后勤和国有资产管理工作。
（二）法规科（执法监督科）。组织拟订交通运输规范性文件、行政执法相关制度并监督实施；推进行业依法行政；承担机关有关规范性文件的合法性审查和清理工作；承担行政复议和行政应诉工作；组织开展相关政策研究；组织协调交通运输行业法规宣传和行政执法人员的培训管理工作；指导行业信用体系管理工作；统筹协调和监督示范区交通运输综合行政执法工作；负责权责清单工作；负责对交通运输局作出的综合行政执法案件进行审核；负责示范区公路路政管理以及超限运输治理工作；负责重大案件查处和跨区域执法的组织协调工作；承担信访稳定、社会治安综合治理、扫黑除恶、反恐禁毒等职责。
（三）行政审批服务科。负责行政审批服务事项的直接办理、结果公示、档案管理；负责简化审批环节、优化审批流程、提高服务效率和质量；负责本系统行政审批服务标准体系建设；承担“放管服”改革相关工作。
（四）综合规划科。会同有关部门组织拟订示范区综合交通运输发展政策、编制综合交通运输规划，负责编制公路、水路等规划；组织拟订相关行业发展规划，参与拟订示范区物流业发展规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；负责提出示范区公路、水路固定资产投资规模和方向，负责提出国家、省和示范区财政性资金安排意见并监督实施，按规定权限审批、核准国家、省和示范区规划内及年度计划规模内固定资产投资项目；承担公路、水运工程建设项目设计审批；负责民生实事、百城提质、全域旅游、营商环境工作；承担有关环境保护、统计工作，监测分析交通运输运行情况并发布有关信息。
（五）财务审计科。拟订示范区公路、水路行业有关投融资政策；承担专项资金、预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担机关、所属单位财务和国有资产监管以及内部审计工作；负责公路、水路重点基本建设项目的绩效监督及内部审计工作；负责行业内国有企业工作。
(六）人事教育科。承担机关和所属单位的干部人事、机构编制、劳动保护等工作；指导交通运输行业人才队伍建设工作；负责交通运输行业教育管理工作；承担有关智力引进工作；负责机关离退休干部工作，指导所属单位的离退休干部工作。
（七）建设管理科。承担示范区公路、水路建设市场监管责任；拟订公路、水路建设及维护的相关政策、制度、技术标准并监督实施；承担示范区重点公路、水路等工程施工许可、监督管理、竣工验收工作；承担四好农村路工作；指导示范区公路、水路建设、管理和维护工作。
（八）客运管理科（出租汽车行业指导办公室）。负责与有关部门建立综合交通客运体系协调配合机制，承担涉及综合交通客运体系的相关协调工作；承担示范区道路、水路客运管理工作，拟订相关制度并监督实施；负责系统内疫情防控工作；负责示范区客运船舶检验工作；指导示范区有关道路、水路客运安全生产监督管理工作；指导交通客运枢纽管理工作；指导公众出行客运信息服务和咨询工作；指导公共汽车、轨道交通运营，出租汽车（含网约车）和汽车租赁等工作。
（九）货运（物流）管理科。负责与有关部门建立综合交通货运体系协调配合机制，承担涉及综合交通货运体系的相关协调工作；承担示范区道路、水路货运管理工作，拟订相关制度和标准并监督实施，指导示范区有关道路、水路货运和物流安全生产监督管理工作；负责示范区货运船舶(含渔船）检验工作；指导交通货运枢纽管理工作；指导公众出行货运信息服务和咨询工作；参与拟订示范区物流业发展有关政策和标准，按规定负责道路、水路物流市场有关管理工作；负责示范区货运、维修、驾校、从业资格培训等市场管理工作。
（十）安全监督科（应急办公室）。组织拟订示范区公路、水路安全生产政策和应急预案并监督实施，指导有关安全生产和应急管理机制建设，督导部门和相关企业落实好安全主体责任，承担有关道路、水路运输企业、邮政、消防、安全生产监督工作，承担交通安全整治工作；依法组织或参与有关事故调查处理工作，负责组织相关抢险救援、抗旱防汛工作，组织协调国家、省重点物资运输和紧急客货运输，负责安全信息统计、分析、报送等工作。
（十一）科技科（扶贫办）。拟订公路、水路行业科技、信息化政策并监督实施，指导行业网络安全工作，组织协调有关重大科技项目研究；承担行业有关标准、质量和计量工作；指导行业生态文明和节能减排工作；负责大气污染环境防治工作；负责对外开放和招商引资工作；负责脱贫攻坚工作。
（十二）邮政管理科。贯彻执行国家邮政方针政策、法律法规、邮政服务标准；研究提出本区域贯彻落实邮政业发展战略、发展规划并组织实施；负责邮政行业安全生产、服务监督等工作；保障邮政通信与信息安全；研究、指导辖区内邮政业发展；负责对邮政领域经营行为进行监督检查。
（十三）济源示范区交通战备办公室。贯彻执行有关交通战备工作的方针政策和法律法规；制定战时和应急交通保障计划，协助有关部门编制重点目标保障方案；负责国家安全人民防线建设工作；指导有关部门加强交通专业保障队伍建设，在军事部门协助下完成专业保障队伍的训练和演练；组织实施示范区交通战备保障工作，配合有关部门做好抢险救灾等组织实施工作；收集、整理有关国防交通基础资料。
（十四）党建工作办公室。负责机关和系统的党建、党风廉政建设、意识形态、统一战线工作；负责作风转变和行政效能提升、行风评议工作；按照管理权限对系统内党员干部职工违规违纪问题予以调查和处理；负责群团工作。
